El ministro de Cultura, Íñigo Méndez de Vigo, y la consejera de Cultura de la Junta de Andalucía, Rosa Aguilar, han firmado un protocolo para que la institución andaluza se haga cargo -a partir del día 1 de marzo de 2016- de la gestión del Museo de Málaga, ubicado en el Palacio de la Aduana de la capital malagueña y el de mayor volúmen que estará abierto en la región.
Dicho espacio museístico acogerá, asimismo, las colecciones del Museo de Bellas Artes y el Museo Arqueológico. La creación del museo provincial de Bellas Artes de Málaga fue una iniciativa de los académicos de la Real Academia de Bellas Artes de San Telmo promovida desde 1866, que tras constituirse el Patronato del Museo el 3 de febrero de 1915, fue inaugurado el 17 de agosto de 1916 en unos salones de una casa de la malagueña calle del Císter esquina con Calle Pedro de Toledo.
En 1973 se constituye el Museo de Málaga, unificando en una misma institución del patrimonio el Museo de Bellas Artes y el Museo Arqueológico Provincial. En 1984, la transferencia de competencias en materia de cultura desde el Estado español a la Junta de Andalucía propició que la gestión del Museo de Málaga fuera traspasada a la Consejería de Cultura de la Junta de Andalucía. Desde 1997, en el caso de la colección del Bellas Artes, y 1999, respecto a la del Museo Arqueológico, ninguna dispuso de sede.